Tábornok, a Szent István-rend vitéze, a magyar ménesintézetek megalapítója.
„Míg remondázással foglalkoztam, időm és jó lehetőségem nyílott a lótenyésztéssel kapcsolatos számos megfigyelésre és megjegyzés tételére. Ezeket gyűjtöttem, rendszereztem, papírra vetettem, és oly merész voltam, hogy II. József császárnak, aki éppen Budán tartózkodott – javaslat formájában – alázatosan előterjesztettem mindazt, amit véleményem szerint Magyarországon a lótenyésztés felvirágoztatása és kiszélesítése érdekében cselekedni lehetne…” – írja naplójában életének fordulópontjáról az akkor 27 éves huszárkapitány.
Tanulmányait a kőszegi gimnáziumban, majd Bécsben végzi. 1774-ben hadapród a Dajassa vértesezredben, 1783-ban másodkapitány a modenai vértesezredben. Az ürményi (ma: Mojmírovce, Szlovákia) ménestelepen tanulmányozza a lótenyésztést. Parancsnoka, gróf Godiz ezredes a pótléklovak állományához rendeli, ahol folytatja tanulmányait és tervet készít a lótenyésztés előmozdítására. A terveket benyújtja a császárnak. Csekonics javaslatait az Udvari Hadi Tanács jóváhagyja és a császár 1784-ben megalapítja a Mezőhegyesi Királyi Ménest, amelynek megszervezésével Csekonicsot bízza meg és lótartalék-parancsnokká (remont-Commendant) nevezi ki. 1785-ben megkezdi működését a ménes a 16 000 holdas mezőhegyesi kincstári birtokon, 1786. január 16-án pedig Csekonics Józsefet, az első osztályú kapitányt kinevezik Magyarország és Erdély remonda ügyeinek parancsnokává. 1789-ben megkezdi működését a Bábolnai Méntelep is. Az elkövetkező húsz évben gyökeres változás áll be az ország lótenyésztésében. A méntelepen a korabeli szakkönyvek szerint „tenyésztési módja a lovaknak a félszilaj ménestartás” volt. Csekonics a magyar fajták gondos kiválasztása mellett arab és spanyol méneket szerzett be, úgyhogy csakhamar négy törzsről vált ismertté a méntelep: a gidránról, a kis és nagy noniusról meg a furioso-nordstarról.
1787-ben őrnaggyá, 1789-ben vértes alezredessé nevezik ki. 1790-ben ezredesi rangot kap és 1798-ban megbízzák az itáliai Lech melletti hadsereg és Bécs városának vágómarhával történő ellátásával, amit öt évig folytat. Jutalmul megkapja a Szent István-rendet és 1806-ban tábornokká léptetik elő.
Csekonicsot korában a legjobb lószakértőnek tartották. Tevékenységi körébe tartozik a lógyógyászat fejlesztése, egy lovarda felállítása, de javasolja a bécsi és a pesti lóversenyek tartását is, az utóbbira majd csak halála után, 1827-ben nyílik lehetőség, miután Széchenyi megalakítja a Pesti Versenyző Társaságot és Lótenyésztő Egyletet. Tenyésztési tapasztalatait könyvbe is foglalja (Praktische Grundsätze die Pferdezucht betreffend, 1817).
Életrajzírói, így Kalapis Zoltán megjegyzik, hogy Csekonics valójában nem is hippológus volt, hanem nagyvállalkozó, ő a merkantilizmus térhódítása idején a lótenyésztésben elsősorban üzletet látott, áru-előállításként, tömeges kereskedelmi cikként kezelte. Ernst József rajzolta meg legteljesebb pályaképét, s ebből is „egy széles látókörű, a lótenyésztéshez jól értő, az országos helyzetet és ügyeket világosan áttekintő és értékelő, azokban tevékenyen
résztvevő, rendkívüli szervezőképességű, nagy munkabírású, a felvilágosodás gyakorlati gazdasági emberének képe bontakozik ki” (Magyar Agrártörténeti Életrajzok, 1987).
Tevékenysége nem korlátozódott csak a lovak tenyésztésére és forgalmára, hanem más téren is vállalkozott a katonaság ellátására. Az egyik idényben 30 ezer kaszálót fogadott fel, hogy ki tudja elégíteni a hadsereg szénaigényét. A balkáni hadsereg 200 ezer katonájának és 56 ezer lovának élelmezését, illetve takarmányozását is ő szervezi meg. Öt éven át gondoskodik Bécs húsellátásáról, hetente 1000–1200 hízott ökröt és szarvasmarhát szállít a városnak. Búzakereskedelmi ügyletekkel is foglalkozik.
Sikeres vállalkozásainak eredményeképpen 1790-ben bérbe veszi, 1808-ban pedig megvásárolja a Zsombolyától Csősztelekig (ma Čestereg, Szerbia) terjedő, 40 000 hold nagyságú kincstári birtokot. 1808-ban, 51 éves korában visszavonul birtokára gazdálkodni. Fiai és unokái további birtokokat vásárolnak Fejér, Baranya, Tolna és Bács megyékben, de haláláig, vagyis 1824-ig ő a család feje. A grófi címet ugyan utódai szerzik meg, akik inkább arról nevezetesek, hogy a nagy vagyon haszonélvezőiként erősen kézben tartják a vármegyét, beleegyezésük nélkül senki sem lehetett főispán, képviselő, de még járási szolgabíró sem.
Gróf Csekonics Endre 1869-70 között, egy 110 hold kiterjedésű díszkertben építteti fel a család nagyszabású kastélyát Ybl Miklós, híres műépítész tervei szerint, angol-szász ízlésben. A csodálatos kastélyt az itt lévő Csekonics-szoborral együtt a világháborúk közötti időben lerombolják. Zsombolya központjában hat hold kiterjedésű díszkertben áll a gróf Csekonics család régi belső kastélya, ma a polgármesteri hivatal. A városban civil szervezet és utca viseli a nevét.
